Внутренний контроль действует в университете в соответствии с Рекомендациями по организации и осуществлению внутреннего контроля организациями, подведомственными Министерству науки и высшего образования Российской Федерации, на основании Положения о внутреннем контроле ФГБОУ ВО «Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова», (утв. 30.01.2020г.). Положение устанавливает единые цели и правила проведения внутреннего контроля, определяет понятие, цели и задачи, способ организации и обеспечения внутреннего контроля.
Основной целью внутреннего контроля является подтверждение соблюдения действующего законодательства Российской Федерации, регулирующего порядок осуществления финансово-хозяйственной деятельности и иных видов деятельности, определенных Уставом и локальными актами Университета.
В целях повышения эффективности и результативности хозяйственной деятельности университета, сохранности его активов, достоверности и своевременности бухгалтерской (финансовой) и иной отчетности, соблюдения действующего законодательства при совершении фактов хозяйственной жизни и ведении бухгалтерского учета, выявления ошибок и нарушений установленного порядка деятельности приказом ректора № 322/1 от 29.02.2024 был утвержден план проведения внутренних финансовых проверок фактов хозяйственной жизни федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова» на 2024 год, распоряжением проректора по экономике от 26.03.2024 №5 создана рабочая группа для проведения внутренней проверки фактов хозяйственной жизни университета за 2023 год с целью исполнения приказа ректора № 154/1 от 06.02.2023 по проведению внутренних финансовых проверок фактов хозяйственной жизни Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова» за 2023 год. По результатам проверки были выявлены несоответствия и рабочей группой были даны рекомендации.